Op 17 mei 1940 wordt het loodswezen naar Oostburg overgebracht. In Zeeuws Vlaanderen zijn dan zware gevechten en bombardementen aan de gang en gedurende de volgende dagen reist een aantal loodsen, waaronder Hein Koning, via Breskens terug naar Vlissingen.
In de volgende anderhalf jaar werkt Koning achtereenvolgens als loods, hulppolitie en ambtenaar bij de scheepvaartinspectie. In oktober 1942 stelt de Scheepvaartinsectie hem aan als controle ambtenaar luchtbescherming in Groningen.
Hein en zijn oudste zoon Jan waren daar actief in verzetsgroep De Groot. Ze hadden een postauto overvallen met als buit 12000 bonkaarten en uit de werkplaats van een NSB schoenmaker laarzen en schoenen gestolen. In de nacht van 2 op 3 maart 1945 worden Koning met zoon Jan en zijn broers door de SD gearresteerd. De broers gingen later op transport naar Duitsland voor de Arbeidseinsatz. Hein en Jan worden overgebracht naar het beruchte Scholtenshuis, het hoofdkwartier van de SD op de Grote Markt in Groningen. Hier blijkt dat de Duitsers volledig op de hoogte zijn van hun ondergrondse verzetswerk. Na diverse keren hardhandig te zijn verhoord, wordt een protocol opgemaakt wat ongezien moet worden getekend. Ze zijn ter dood veroordeeld.
Op 17 maart gaan ze in beestenwagens op transport naar Duitsland, waar Hein Jan terugziet, die deel uitmaakt van hetzelfde transport. Na twee dagen aankomst in Neuengamme, ’s avonds nog kaalgeschoren, hun kleren ingeleverd en vervangen door oude kampvodden.
In concentratiekamp Neuengamme moeten de gevangenen zich letterlijk doodwerken, het motto was “vernietiging door arbeid”. Omdat Berlijn door de Russen omsingeld is, komt het bericht van vonnis voltrekken niet af.
Twee deserteurs van de SS een Deen en een Duitser worden nog ter dood gebracht door de strop. Zij zijn de laatsten die zo ter dood worden gebracht, de galgen worden afgebroken, een hele opluchting. De laatste dagen in Neuengamme bestaan uit ziekenbarakken schoonmaken, de meeste zieken waren dysenterie patiënten die verschrikkelijk vervuild waren. Smerig werk met blote handen en geen gelegenheid om de handen te wassen. Er is een verpleger die ontsmettingsmiddelen meeneemt die ze kunnen gebruiken.

’s Ochtends 23 april volgt na appèl en inspectie een urenlange mars en transport in goederenwagons richting Hamburg, bewaakt door SSers. Geregeld is er oponthoud door bombardementen. De volgende dag wordt de haven van Lübeck bereikt. 2 dagen en nachten worden doorgebracht in goederenwagons, dan worden ze overgebracht naar de ATHEN een vrachtschip van 6000 ton. Op 28 april wordt ingescheept op het gevangenenschip CAP ARKONA, een passagiersschip van 27000 ton, dat in de bocht van Lübeck ten anker ligt. Het is er overvol en er heersen erbarmelijke omstandigheden. Op 30 april weer terug naar de ATHEN, die naar Lübeck geweest was om nog meer gevangenen op te halen.
Op 3 mei volgen er hevige lucht aanvallen waarbij ook de Cap Arcona wordt getroffen, in brand vliegt en zinkt. Uit een later rapport bleek dat van de 4640 gevangenen op dit schip er slechts 314 overlevenden waren. In de baai van Lübeck werden bij die aanval vele schepen tot zinken gebracht. Die schepen mochten van de SS geen Rode Kruisvlaggen voeren, er waren geen gevangenen aan dek te zien en de verkenningsvliegtuigen die overvlogen werden beschoten met mitrailleurs. Dat moest de indruk geven dat het ging om oorlogsschepen.
Bij zo’n groot schip als de Cap Arcona denk je dan al gauw aan een troepentransport schip. Gevangenen die zwemmend probeerden hun leven te redden worden door SSers beschoten. De Athen, die inmiddels vlak bij Neustadt ten anker ligt wordt ook beschoten maar zinkt niet. De opvarenden worden ’s middags om drie uur te Neustadt geland en verwelkomt door Britse tanks.

De groep van Hein Koning wordt door de Engelsen ondergebracht in een officiersbarak. Hier krijgen ze volop te eten en te drinken. Door de overgang naar normaal voedsel krijgt Hein gezondheidsproblemen en wordt hij ernstig ziek. Ziek en zwak vliegen Hein Koning en zoon Jan op 30 mei met 23 lotgenoten vanaf Lünenburg naar Brussel, waar ze door het Rode Kruis worden opgevangen. Na onderzoek door de dokter heeft Hein de grootste moeite om toestemming te krijgen om verder te reizen. In het Hollands Clubgebouw waar overnacht wordt, krijgt de dodenploeg, zoals de groep genoemd wordt, 50 francs pp. Hein gaat er mee naar de kapper om zich een beetje te laten fatsoeneren. ’s Avonds vertrekken ze weer en na een moeizame reis van meerdere dagen, per trein en per bus komt, de groep op 3 juni om 1 uur ’s nachts in Groningen aan. Vanwege een aantal vernielde bruggen bereiken Hein en zijn zoon pas na een uur lopen hun huis.

Na binnenkomst zegt zoon Hillebrand, die de stem van broer Jan herkent, tegen zijn vader: dat is mooi van u meneer om mijn broer even thuis te brengen… Mevrouw Koning schrikt enorm van Heins toestand, de dokter constateert ernstige ondervoeding en adviseert ziekenhuisopname. Zijn vrouw wil daar niets van weten en neemt de verzorging op zich. Drie maanden duurt het voordat Hein zich goed genoeg voelt om zich terug te melden bij het Loodwezen in Terneuzen.
Na vijf overzichtsreizen vindt hij dat hij klaar is om weer zelf schepen te bedienen.

Hein heeft nooit over zijn oorlogsverleden gesproken, slechts een paar collega’s wisten dat hij concentratiekamp Neuengamme had overleefd.

Bij zijn pensionering op 1 februari 1962, wordt hij onderscheiden met de ere medaille in goud in de orde van Oranje Nassau. Hein overlijdt op 25 mei 1974.

Hendrikus Koning overleed op 24 mei 1974